2002年7月经自治区教育厅批准成立，2004年经国家教育部重新审批确认，为全国首批确认的124所独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。
新疆农业大学科学技术学院依托新疆农业大学毕业证样本的学科基础，根据地方和区域社会经济建设及城市化、城镇化发展需要，结合西部大开发、加入wto和自治区国民经济结构调整的实际，努力创造条件，加快发展社会急需的短线专业，目前设有经济学、国际经济与贸易、英语、电子信息科学与技术、水利水电工程、人力资源管理、食品科学与工程等19个本科专业（方向）
学生毕业后由新疆农业大学科学技术学院授予国家统一印制的毕业证书，并经新疆农业大学学位委员会审核，授予新疆农业大学学位证书。
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