前身是成立于1959年的昌吉师范学校，1985年升格为昌吉师范专科学校毕业证样本，2001年5月经国家教育部批准升格为本科院校昌吉学院。
设有中文系、中语系、经济管 理系、外语系、数学系、物理系、化学工程系、计算机工程系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、成人教育学院、社科部等14个教学院系部,共51个本、专科专业覆盖了6大学科门类,已初步形成专业设置比较合理,学科门类比较齐全,以教师教育为主,多学科共同发展的综合性普通高校。
昌吉学院历任院长
李再江 2005年12月－2009年11月任昌吉学院院长。2009年11月至今任昌吉学院党委书记、副院长。
冯武生 2009年11月－现任 昌吉学院院长（1999年9月任新疆工业高等专科学校党委委员、副书记、校长。2005年10月至2009年11月任昌吉学院党委副书记、副院长。新疆工业高等专科学校毕业证样本）
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